一、库存有商品处理办法
1、账面库存与实物库存不符时，首先进行库存商品盘点。
如果账面库存大于实际库存，说明有商品销售不记账，将账面库存金额大于实物库存的差额计算补交增值税;如果账面库存小于实际库存，说明有购进货物不记账，应将货物退还给销货方。
2、账面库存与实物库存相符时，根据《财政部国家税务总局关于增值税若干问题的通知》(财税〔2005〕165号)第六条规定，一般纳税人注销时，其存货不作为进项税额转出处理，其留抵税额也不予退税。也就是说，当账面库存与实物库存相符时不补交增值税，因为，“应交税费——应交增值税”会计科目贷方反映“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”等内容，不作进项税额转出处理就是不补交增值税。
二、库存无商品但有留抵税额处理办法
1、期末留抵税额是由于本期进项税额大于本期销项税额形成的。如果没有库存，期末仍然有留抵税额，原因有二：其一，售价低于成本销售，其二，销售商品不计收入，但销售成本已结转。
2、处理办法。如果是因管理不善造成售价低于成本销售，存货可以作为资产损失专项申报，在营业外支出列支，留抵税额做进项税额转出;如果是市场原因造成售价低于成本销售，根据财税〔2005〕165号文件规定，留抵税额不予退税。如果属于销售商品不计收入，但销售成本已结转，应做无票收入处理，补交增值税，属于逃税的按征管法规定处罚。
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